Está disponibilizada uma versão do inicializador para o PSPad e o jEdit na página ON USB (PORTABLES) (http://www.ot55.net/blog/on-usb/).
O do PSPad permite a integração com os compiladores MinGW, Java, Borland C++, NSIS, etc.
Nele coloquei alguns dicionários personalizados para C++, Java e NSIS.
Não sigo o padrão de alguns programas portáteis que você encontra por aí, e sim um próprio, mantendo todas as informações de cada programa junto deles.
Já testei vários programas e muitos não são portáteis pois deixam informações no registro e no computador utilizado.
Apesar de já ter criado diversos portáteis para U3, não vejo vantagem em criar para U3 pois você acaba desperdiçando a capacidade da pendrive quando usa estes softwares.